Do podstawowych obszarów działalności SENER w branży kosmicznej należy budowa systemów nawigacji. W tej dziedzinie spółka wykonuje:
- systemy AOCS (Attitude and Orbit Control System);
- systemy GNC (Guidance, Navigation and Control);
- nawigacji urządzenia (NAVIGA);
- urządzenia testujące systemy AOCS i GNC (GATB).
W latach 90. firma po raz pierwszy wzięła udział w budowie systemów AOCS/GNC. Od tego czasu SENER stopniowo podejmował się zadań wymagających coraz większej odpowiedzialności, by dziś, ze statusem głównego wykonawcy, należeć do najważniejszych podmiotów w tej branży na świecie. Po sukcesach budowanych w formule konsorcjum systemów AOCS, które wykorzystano w misjach naukowych Herschel & Planck, spółka podjęła się – również jako konsorcjant – realizacji systemu GNC dla projektu IXV. Aktualnie SENER jest m.in. wykonawcą systemu AOCS w misji Euclid, w której odpowiada za realizację i działanie zaawansowanych systemów nawigacji oraz głównym wykonawcą systemów w misji Proba-3, ponosząc odpowiedzialność za powodzenie całego przedsięwzięcia.